Las esporas y los fragmentos de hifas de los hongos pueden viajar por la
atmósfera y recorrer grandes distancias.
Los quitridiomicetes y los mohos acuáticos abundan en los hábitat
acuáticos. Ciertos ascomicetes y deuteromicetes son también frecuentes, tanto en
agua dulce como salada. En los últimos años se han descubierto numerosos hongos
en ríos y arroyos contaminados. Éstos participan en la purificación natural de
las aguas residuales. Algunas de estas especies son de especial interés, puesto
que causan enfermedades en los seres humanos.
El suelo es el medio ambiente típico de los hongos saprofitos, los cuales
viven sobre restos orgánicos. También contiene hongos parásitos que pueden
infectar a plantas y animales. Los mohos acuáticos y los mildíus son habitantes
comunes del suelo, como lo son algunos ascomicetes y muchos deuteromicetes.
numerosos hongos descomponen la celulosa y las proteínas; de esta manera, toman
parte activa en la formación del humus.
Ciertos hongos viven en simbiosis con algas formando unas estructuras
características llamadas líquenes. La mayoría de los hongos liquénicos son
ascomicetes, pero unas pocas especies son basidiomicetes. Los hongos que se
asocian de manera íntima con las raíces de las plantas superiores producen un
tipo especial de crecimiento de las hifas, dando lugar a las micorrizas. En
éstas, una porción del micelio envuelve a las raíces con una capa blanca
aterciopelada, y otra penetra a través de la corteza de las mismas. Ciertas
plantas dependen de esta relación para desarrollarse adecuadamente. Algunas
especies de champiñones son destacadas formadoras de micorrizas.
Algunos hongos, que normalmente crecen sobre materia orgánica muerta, son
capaces de infectar plantas vivas cuando tienen la oportunidad de hacerlo. Otros
no pueden sobrevivir sin parasitar plantas. Enfermedades causadas por
quitridiomicetes, oomicetes y otros hongos primitivos son, por ejemplo, la
hernia de la col, la verruga de la patata, la roña pulverulenta de la patata, la
roya blanca, el carboncillo tardío de la patata y el mildíu velloso. El carbunco
(o carbunclo), el carbón del castaño, la enfermedad holandesa del olmo o
grafiosis, el mal del roble, el cornezuelo, la podredumbre oscura de los huesos
de las frutas y muchas otras enfermedades están producidos por ascomicetes. Las
royas y los tizones son basidiomicetes. Ver artículos referidos a cada
enfermedad de las plantas.
Ciertos hongos que viven en el suelo atrapan organismos microscópicos
como amebas (o amibas) y nematodos o gusanos cilíndricos. La mayoría de estos
hongos predadores parecen ser deuteromicetes o estados conidiales de
zigomicetes, pero algunos pueden ser conidios de basidiomicetes. los nematodos
se capturan, bien por medio de una malla de hifas, recubierta por una sustancia
adhesiva, bien mediante una excrecencia o protuberancia que entra en contacto
con la presa; o bien, con el empleo de una red de hifas que, después de entrar
en ella el nematodo, se hincha y se cierra de manera brusca. Cuando estos hongos
atrapan una ameba o un nematodo, crecen unas hifas especiales y penetran en los
microorganismos para consumir su protoplasma.
Muchos animales pequeños, entre ellos insectos y milpiés (miriápodos), se
alimentan de hongos y así contribuyen a la dispersión de sus esporas. Algunos
grupos de insectos cultivan hongos para alimentarse con ellos. Entre estos
insectos, destacan los escarabajos de las cortezas, las hormigas tropicales
cortadoras de hojas y ciertos grupos de termitas. Numerosos hongos son parásitos
de insectos.